一言的回答
类似的案子也算办过几个。由于指控的犯罪时间点被害人属于幼女，因此不需要去讨论是否属于违背妇女意志，只要去看现有证据能否证明发生了性关系就可以（实际上幼女的强奸既遂采取的是接触说）。
一、大部分答主对于本案仅仅依据证人证言和被告人供述就定罪颇有微词，认为这种情况下实际上极其容易发生陷害的情况，而且有违“孤证不定罪”的原则，认为本案“未能排除合理怀疑”，但实际上什么叫做“合理怀疑”？本身就没有定论，不同的司法人员对于合理怀疑会有不同的理解，而放在司法实践中，不同类型的案件，对于证据标准的要求差别就更大了。你用故意杀人的死刑案件标准去要求强奸案件或者猥亵儿童的案件，那案子就没几个能办的下去的。
二、性侵案件中，口供（被害人陈述、被告人供述和辩解、证人证言）就是最重要的证据。涉及到儿童的更是如此，这是由于性侵案件的特点决定的，封闭空间、个体对个体、客观证据高度缺失。举个例子，一周前一个男子把一个女孩带到自己的房间里面半个多小时，请问发生了什么？你又能取到什么样的客观证据？能做的就是先去询问双方发生了什么，再根据案件前后的双方关系、聊天记录这一切进行推定，看双方谁的供述是真实的、符合客观规律的，这些供述和能够收集到的少数客观证据能否相互吻合的。这些特别考验侦查人员的讯问技巧，也考验公诉人对于证据的分析能力。包括但是不限于怎么去突破嫌疑人的供述，找到自相矛盾的地方，让其做出无法解释的供述，再通过这些去让合议庭认可。包括证人证言是在什么情况下得知的，是分别告知的，还是一一告知的，是刻意告知还是无意察觉的，侦查人员在进行询问的时候是否恰当，有没有引诱等等。
三、具体回到本案之中，我能想到的是，被害人本身是否存在处女膜陈旧性破裂，被害人与被告人之间在案发前后、报案前后是否存在接触，因为如果说没有任何接触就去诬告陷害这个没有犯罪动机。被害人对于案件细节的描述是否属于非亲历者不可知的情况，比如说被告人身体上是否具有一定的特征，类似于体味、纹身、疤痕之类的。还有就是被告人到案之后的供述是否符合常理，是否存在翻言的情况，能不能就一些问题做出合理解释。以及证人证言的获得方式、言辞证据之间有没有符合常理的矛盾等等。
这种案子，在没有看到卷宗的情况下，就去评论案子办理的有没有问题可能并不恰当。
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