路易·罗莎的回答
一千年前？还有这种好事？
别说一千年前，光是穿越到1519年的蒙特祖玛二世身上，就足以改变半个美洲的原住民的命运了（见下方链接中的回答）：
假如你是阿兹特克国王，得知欧洲有一个叫西班牙的科技数远超美洲的国家企图灭亡你的帝国，你会怎么翻盘？
我们首先要明确的是，什么火器文明对“石器文明”的降维打击、阿兹特克（和印加）统治高压残暴早就人人思反白人不来都会自己炸开、不用白人出手传染病就把原住民洗没了，全部都是经典暴论，完全不符合史实，是为欧洲殖民主义洗地的诛心之论：
因以上原因，正常而言，不发生精神白人蒙特祖玛二世和罕见天才科尔特斯互相配合灭亡自己国家的事件的话，至少中美洲文明和安第斯文明都是可以在16世纪保住自己的政权，从而保住自己的文明和人种，并借此机会迅速地完成军事科技上的近代化，获得可繁殖驯养的马和牛，学会冶铁（本就会冶青铜了）和制造火药，如此再配合本土强大的农业生产力和丰富的人口，足以保证16到17世纪这个关键窗口期内不会灭亡。至于到了工业革命之后的19世纪会不会还是被欧洲帝国主义国家半殖民，那就是没所谓的事了，毕竟就像伊朗、越南、中国这些地方即使也同样在这一时期遭受殖民侵略，但人种的保留和文化的延续完全不受影响。
回到本题，若是我们作为穿越者，再往前推500年，在大概公元1000年左右进入美洲，能做的事情便还要多得多：懂冶炼的带领原住民点出冶铁，顺便带领木工点出大规模使用的各式轮车（甚至还有橡胶轮胎可用），懂制造土制火药的点出火药、火炮和火铳，懂航海的制造三角帆、船板拼接甚至科克船和卡拉维尔，懂蓄牧的则可以活捉数量丰富的犎牛（北美野牛）来驯化，也顺便可以点出牛痘疫苗预防天花。
这些都是科技层面的内容，基本都是历史穿越的必备品了，全部点齐之后统一文明圈建立庞大帝国不成问题（只要政治和军事方面也有相应的举措），而题主既然是想要改变所有印第安人的命运，那么就要加速向外航海，把大西洋沿岸的所有文明程度有高有低的原住民都接触过，无论是直接攻伐还是友好交往，都可以通过愈发频密的接触将科技传播出去，从而使得整个大西洋沿岸没有欧洲人可钻的缝隙。
如果具体穿越年份早的话，那么可以全力点出航海科技并前往文兰（纽芬兰），在玻璃心托尔芬撤离之前和维京人接触，那么点科技还会因为和欧洲人搭上线了而更加简单。
剩下要做的事情，无非是留下天启般的“神谕”，告诉所有美洲人东方大洋彼岸是怎样的，若不怎么做，五百年后又会有怎样的命运，接下来就相信后人的智慧罢！反正以上这些全部做齐之后，1500年左右的美洲，已经基本完全不可能再被欧洲人殖民侵略了。（反倒是欧洲人担心一下会不会出现日落入侵罢！）
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